Simplifier l'écriture d'espèces chimiques de structure complexe

Il arrive souvent que des acides ou des bases organiques possèdent plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines d’atomes : leur structure est alors très complexe.

Pour nous éviter d’écrire la formule topologique entière d'une entité, on peut utiliser sa formule brute, sa formule avec des substituants R, R’, R₁, etc. Mais on peut aussi utiliser une notation simplifiée particulière, mettant en avant le caractère acido-basique, consistant à :

• désigner par "A" (pour "acide") toute la structure de l'entité liée aux atomes d'hydrogène susceptibles d'être libérés ;
  
• indiquer les atomes d'hydrogène qui peuvent être cédés et la charge électrique totale de l'entité.

Exemple 1

Considérons le couple acide-base associé à l'APTS (acide paratoluène sulfonique), catalyseur acide courant en chimie organique.

On peut écrire simplement que l'on modélise ce couple par la notation AH / A-, avec A qui représente l'ensemble des atomes autres que le proton lié à l'atome d'oxygène.

Exemple 2

Considérons les trois formes acide-base suivantes associées à la cyanidine.

On peut remarquer que ces trois formes diffèrent par le nombre d'atomes d'hydrogène et par leur charge (cf. cercles bleus dans les formules ci-dessous) : entre la forme 1 et la forme 2, un ion hydrogène a été perdu, tout comme entre la forme 2 et la forme 3.

​​​​​​Les écritures simplifiées des différentes formes associées à la cyanidine sont ainsi les suivantes :